佛教起源于古印度（天竺），相传于公元前六世纪，由北天竺迦毗罗卫国（尼泊尔境内）净饭王的长子悉达多·乔答摩所创立，距今已有两千五百多年的历史。当时的印度社会生产力已发展到普遍使用铁器，农业生产的水平有了提高，手工业和商业也随之发达起来，一批城镇小邦兴起，经常互相侵并，发生冲突。在政治上，雅利安人自中亚细亚进入印度河流域，征服了土著民族后，创立野蛮的种姓制度。种姓制度把人分为四等，掌握祭祀文教的僧侣（称为婆罗门）为最高的社会阶层，奴隶（称为首陀罗）是最下贱的阶层。还神圣不可动摇地规定在当时占统治地位的婆罗门教义中。当时的阶级矛盾、民族矛盾集中反映在种姓制度问题上，形成了尖锐复杂的斗争，导致社会动荡，生产下降，人民处于水深火热之中，得不到温饱和安定。痛苦、失意、无望、颓废是当时一般的社会情绪。这种社会情绪也使作为一个小邦王子的悉达多受到感染，他思想日益苦闷，产生了消极厌世的念头，不愿继承王位，便外出寻道，舍弃了婆罗门教，避居山林静坐。经过几年的冥思苦想，一天他坐在一棵毕钵罗树（后被称为菩提树，菩提就是“觉悟”的意思）下终于悟出了解脱苦难之道，便宣布自己成了佛了。后来他便到中天竺各地进行传教活动，组成僧侣集团，逐渐形成了佛教。
中国拥有历史悠久和丰富多彩的民族文化。中华民族的文化虽发源于中国社会，但在它的发展过程中也不断从其它民族文化中吸取营养成分，并把它们改造为自己的成份。佛教发源于印度，传到中国后与中国的传统文化互相影响、吸收，发展为中国的民族宗教之一，成为中国封建文化的重要组成部分，对中国古代社会历史，对哲学、文学、艺术等其它文化形态，都发生了深远的多方面的影响。佛教正式传来中国是在汉朝，永平十年（公元67年），距今已经有一千九百多年历史，到中国来之后，因为是中国皇帝迎请他过来的，所以是以国宾的礼节来对待他，来了之后，与我国朝野人士谈的很投机，中国非常欢迎他，希望他能常住中国。最初来的二位法师是竺法兰和迦叶摩腾，他们二位把佛教、佛像、经典第一次正式带到中国来，为中国朝野所接受。
佛教教义博大渊深、包罗万象，包容性特别强。佛教中有一句名言：“放下屠刀，立地成佛”。而佛教在中国的传播在印证这句话。研究中国佛教史总离不开一个人——笮融，笮融为佛教在中国弘扬传播立下了汗马功劳。
笮融，丹阳人。 东汉末年，江淮一带佛教大盛。灵帝中平六年（公元１８９年），黄巾起义再次爆发，丹阳人笮融聚集数百人投奔徐州牧陶谦，参与镇压黄巾起义。因同乡关系被任命为广陵、下邳、彭城三郡的运粮监督。《三国志． 吴书四． 刘繇传》称：山野草莽，聚数百呼啸山林之徒以做晋身资本，看来恐非良善之辈。笮融一朝得重用，便露其性，放纵劫掠，肆意杀戮，兼利用督三郡运漕之职监守自盗，中饱私囊，大肆聚敛财物为己用。
初平四年（公元193年），曹操为报父仇而兴兵攻犯陶谦，连克数城加以屠之，使得整个徐州都为之震动。兴平元年（公元194年），曹操再东征陶谦，陶谦惊恐之下欲逃回丹阳老家，是岁，陶谦亡。而依附于陶谦的小军阀下邳相笮融，见形势不妙，决定另觅高枝。兴平二年，与笮融有旧却被陶谦逼走的彭城相薛礼正好屯驻在长江以南的秣陵，笮融以避高危而欲投薛礼。于是，带着男女数万人，马三千匹，奔走至广陵。其时，广陵太守赵昱乃一代名士，曾受陶谦任命。赵昱以上宾之礼相待笮融。可笮融却起歹念。笮融知晓广陵承平已久、钱丰粮足，用诡诈图谋之术，借一次宴会酒酣之时，杀了赵昱，并且纵容部下大肆劫掠广陵，然后过江投靠薛礼。笮融在危急时弃主而他往，又杀人夺城，无信无义，可谓卑鄙无耻之极。但背主噬友是其军痞土匪之本性，也是他这种人物在乱世立足的生存之道。孙策接着渡江攻薛礼，薛礼弃城逃走，孙策再来攻打落单的笮融，不克，孙策还中了一箭，于是狡猾的孙策以己中箭身亡为名，设反间计，骗取笮融遣部将于兹追击孙策，中了孙策的埋伏，被斩首千余级。笮融吓得只能深沟高垒以防孙策，幸好笮融还有一手缮治守备的本领，又加所屯军之处地势险固，孙策只好舍笮融，追击刘繇去了。孙策去后，笮融知道此地不得久留，乃溯江逃奔豫章，在途中遇到孤身一人逃奔豫章的薛礼，对于已经没有利用价值的人，笮融毫不客气的杀害了曾帮助过自己的薛礼，又一次做了回白眼狼。笮融兵退，却先于刘繇到达豫章。此时，豫章太守朱皓曾向刘繇借兵与袁术所派之豫章太守诸葛玄互相攻伐，争夺豫章，并迫使诸葛玄退守西城。刘繇溯江西上，屯军于彭泽，听到此消息后，使人通知笮融，要其率军帮助朱皓共同对付诸葛玄，同时也可以保住自己的最后一块落脚地。可惜刘繇所托非人，笮融也本性难改，既然有机可乘，同时也可以不再受制于人而再生夺地自取之念。虽然，许邵向刘繇指出笮融此人本性不良，又乃无信义之人，而朱皓素来以诚信待人，两相比较，恐遭笮融毒手，做了赵昱第二，应使人通知朱皓以防笮融。但是，为时已晚，笮融仍以欺诈的手段杀害了朱皓，夺取了豫章。再一次背主弃友。刘繇得知后懊恼不已，进兵讨伐笮融，却为笮融所败。但笮融兵匪本性，和用不耻的手段夺取的豫章，势难获得民心与支持，刘繇虽屡败，却还能从各属县纠集人马，最后攻破了笮融的豫章，笮融只好逃入山中，为民所杀。这一次再也没有朋友可以投靠，最终得到了其应有的下场，被超度到西方“极乐世界”去了。
奇怪的是笮融这样的一个既残暴又极其贪婪的土匪军阀，不把搜刮的巨资用以置田建舍，也不用以跑官买官、包二奶之类，反而心甘情愿地耗费在了引人向善的佛事之中，可谓滑天下之大稽。但是从佛教传入中国的发展轨迹来说，却又在情理之中。汉明帝时，佛教东入中原，东汉初年，受封于徐州一带的楚王刘英崇奉佛教，并使下邳、徐州一带成为早期佛教的传播中心之一。后来楚王刘英因有人告发他谋反而被充军丹阳泾县后，带着他供养的佛徒一同随往，从而使佛教传播到了中国的东部丹阳。到汉末时，佛教逐渐由官宦上层扩大到普通百姓中，尤其是在天下动荡之际，佛教的发展更为迅速，作为地方军阀的笮融要立足下邳，就需要主动地接受地方风俗，得到地方的支持，以维持自身的军阀统治和得到经济来源。笮融在佛事上的突出表现，或许更是由于他家乡丹阳也是佛教传播地之一，作为下层人士出身的笮融，早期经历或多或少接触过佛教不少教义和主张，对一个性格诡诈残暴、佛教的某些初级教义使其得到某种震撼，从而在佛事上给予了更多的关注。联想到后世一些贪官污吏聚敛大量钱财后也有重金拜佛的，可能是明知道自己作恶多端，企图求得神佛保佑，或使自己心灵上得到一点解脱吧。
从初平四年（公元193年）到兴平二年（公元195年），笮融用聚敛的大量财物在下邳城南郊建“浮屠寺”，寺中有塔。这一佛寺佛塔多为多层木结构建筑，“上累金盘，下为重楼”，即在上层用金属按印度窣堵波式样的缩影作刹，下层用中国原有的所谓“望仙楼”多层楼阁式为塔身，成为寺的中心。上有九个金盘即九面铜镜。当顶一面朝天，其它八面朝八方，故称“九镜塔”。塔以砖石建造，八角九级，各层均有飞檐。九层塔身内外有浮雕佛像四百八十尊，遍体涂以黄金，披着锦彩的袈裟。塔内中空，一百四十八级台阶盘旋而上，凭栏远眺，浩浩泗水、巍巍峄山尽收眼底。这些重楼阁道据说最多可以容纳三千人在其内课读佛经。在佛寺里还用铜塑佛像，除宝塔外还有大雄宝殿及山下湖边长廊。在建刹吸引周边佛教信徒之外，笮融还用免徭役法引诱境内外百姓来寺听课讲道，前后诱得五千余家。每逢浴佛会时，在路旁设席长数十里，置酒饭任人饮食，其费用巨以亿计，百姓来观及就食者达万人之多，可想而知铺排之奢华，场面之宏广，气势之雄伟，世所难见。可惜清康熙七年（1668年）郯城大地震殃及邳州，紧接着黄河在邳州州城下邳（今睢宁古邳）不远处花山坝决口，这一宏伟佛教建筑最后的遗迹最终荡然无存了。
石屋寺前身为三官庙。公元520年，有衲头和尚云游，观此山有“蛇道虎迹，鹤止泉涌”之胜，且有天然之石室两间，方圆丈许。其室内有巨石伸出，状似龙舌，鬼斧神工，遂依山建寺。
公元1436年，和宗法师盈重修，后毁弃；公元1562年僧会亮长老重修，并立碑铭记。明朝末叶，有主持僧，为人豪爽，富正义感，因行动时好手执麻鞭，故称麻鞭僧，明亡后，麻鞭僧斋戒沐浴，焚香再拜，向北二呼崇祯我皇，遂自缢寺中。时人嘉其忠义，礼葬于寺侧。1935年周佛海任江苏省教育厅长，为了表扬麻鞭僧的节义，曾题“入世精神” 由睢宁县长秦杰人制成匾额，悬于寺内。易君左编《民族英雄故事集》亦将麻鞭僧轶事，选入集内。
公元1701年，僧明意长老重修，且立碑殿前。自明意后第十三代和尚本全，俗名杨岳峰，占城镇南陈庄人，邳州市政协委员。常与福祥长老许世友友好往来，诵经练武。1982年圆寂。当时寺院有前、后大殿，观音阁等，以后无人管理，破烂不堪。
1997年，僧照空云游来此，与诸居士四处奔波，热心筹措，再修石屋寺，建山门、大雄宝殿、议事室、垣墙、架电等，占地五亩，建筑面积约三一五平方。
石屋寺现由本心法师负责，有僧人2名。