大墩子遗址是邳州著名的国家级文物保护单位，几年前，遗址还高出地面好几米，遗址上各类果树杂树林立，地表散布各种古陶片和兽骨化石，依然保有着历史文化古遗址的特有风貌，在邳北辽阔的平原上，远远望去，遗址突显地面，令人发思古之幽情。但是，不久前随政协文史委去做专题考察时，发现遗址上的树木几乎砍光，种上了小麦，高低不平的自然地形经过不断的耕耘，已是平坦的农田，又几乎与平地持平，仅仅高出地面半米左右，历史遗迹风貌荡然无存，令人惋惜。
建议有关部门加强对该遗址地面风貌的保护，尽可能恢复原来的树木林立的自然风光，并堆土以恢复原来的高度，并在周围建立保护区，以防泥土流失。或者将此建成遗址小公园，适当恢复一些遗物景观，将来可与良王城遗址、刘林遗址构成历史文化游的黄金三角区。
其他遗址，也存在类似现象，望有关部门加强管理。